Menu Movimentações > Cartão Ponto; Filtre pelo funcionário e a data desejada; 

Clique com o botão direito do mouse em cima da marcação a ser excluída; Clique em Apagar; Faça isso em todos os horários do almoço que desejar apagar;

Depois de apagar todos: Menu Manutenções > Alterações em Massa; Selecione Restaurar batidas originais;

Selecione o período das marcações excluídas e o nome do funcionário;

Clique em Próximo até terminar.