Para excluir uma justificativa:

Apuração e Cálculo >> Apuração de Ponto >> Selecione o funcionário e o período em que lhe foi atribuída a justificativa >> Clique em "Buscar"

Em qualquer dia justificado pela atribuição em massa, clique no ícone indicado na figura abaixo:

Ao clicar, aparecerá essa aba abaixo. Clique no ícone indicado:

Ao clica na "lixeira" vai deletar a justificativa lançada no dia em especifico.