Caso você tenha mais de uma empresa cadastrada em seu sistema, e quer que a apuração de ponto dos funcionários fique separada, siga os próximos passos:

Menu Cadastros >> Funcionários. Ao abrir o cadastro de um funcionário, coloque a empresa na qual ele pertence.

Obs.: Caso você não tenha cadastrado as empresas - Cadastros >> Empresas >> Adicionar.

Para visualizar a apuração de ponto:

Apuração e Cálculo >> Apuração de Ponto. Preencha com a empresa desejada e com os demais filtros.